Uno de los argumentos que utiliza en el auto el Juez Baltasar Garzón para justificar la instrucción es que «el alzamiento fue una decisión perfectamente planeada y dirigida a acabar con la forma de Gobierno de España atacando y ordenando la detención e incluso la eliminación física de personas que ostentaban responsabilidades en los altos Organismos de la Nación»

Para el juez, eso motivó «la detención, tortura, desaparición forzada y eliminación física de miles de personas por motivos políticos e ideológicos»

La agresiva campaña propició según Garzón «el desplazamiento y exilio de miles de personas, dentro y fuera del territorio nacional, situación que continuó, en mayor o menor medida, durante los años siguientes, una vez concluyó la Guerra Civil»

Como pruebas de esa estrategia organizada y planificada, Garzón incluye diferentes pronunciamientos de la época. Algunos de ellos verdaderamente estremecedores:

Republicanas represaliadas en Oropesa (foto)

 El General Emilio Mola Vidal había escrito en la Instrucción Reservada nº 1, de Abril/Mayo de 1936 :�??Producido el movimiento (Base 5ª) y declarado el Estado de Guerra�?�se tendrá en cuenta que la acción ha de ser en extremo violenta para reducir lo antes posible al enemigo, que es fuerte y bien organizado.Desde luego, serán encarcelados todos los directivos de los Partidos Políticos, Sociedades o Sindicatos no afectos al Movimiento, aplicándose castigos ejemplares a dichos individuos para estrangular los movimientos de rebeldía o huelgas�?�.

«El 17 de Julio de 1936, cuando todavía en la Península la sublevación militar no pasaba de ser un lejano rumor, fueron asesinadas en localidades del norte de África un total de 189 personas, por mantenerse fieles al Gobierno de España», añade el auto.

El Decreto número 2, por el que se instaura el Juicio Sumarísimo contra personas que se opongan al Movimiento y que es previo a la insurrección militar, establecía que:

�??�?�La Junta Suprema Militar de Defensa de España, como primer acuerdo dispone:
1. Serán pasados por las armas, en trámite de juicio sumarísimo (�?�) cuántos se opongan al triunfo del expresado Movimiento Salvador de España, fueren los que fueren los medios empleados a tan perverso fin.
2. Los militares que se opongan al Movimiento de Salvación iniciado serán pasados por las armas por los delitos de lesa patria y alta traición a España.
3. Se establece la obligatoriedad de los cargos y quienes, nombrados, no lo acepten, caerán en la sanción de los artículos anteriores.�?�

El Decreto número 3 establecía:�??�?� 1. Quedan depuestos de sus cargos, el Presidente de la República, el Presidente del Gobierno y todos los Señores Ministros, con los Subsecretarios, Directores Generales y Gobernadores Civiles. Todos ellos serán detenidos y presos por los agentes de la Autoridad como autores de los delitos de lesa patria, usurpación de Poder y alta traición a España�?�.

El Decreto número 4 abrogó y anuló la Constitución, los Estatutos de Autonomía, disolvió las Cortes, los Parlamentos de las Regiones Autónomas y el Tribunal de Garantías Constitucionales.

La Octava Orden de Urgencia, a cargo de la Junta de Gobierno, incitaba al terror y al asesinato de personas y la destrucción de organismos:

�??En el primer momento y antes de que empiecen a hacerse efectivas las sanciones a que de lugar el bando de Estado de Guerra, deben consentirse ciertos tumultos a cargo de civiles armados para que se eliminen determinadas personalidades, se destruyan centros y organismos revolucionarios�?�.

Iniciada la insurrección, el 19 de Julio de 1936, el General Mola afirmaba:

�??Es necesario propagar una imagen de terror (�?�) Cualquiera que sea, abierta o secretamente, defensor del Frente Popular debe ser fusilado�?�.

El General, en una alocución en Radio Burgos el 31 de Julio de 1936 dijo:

�??Yo podría aprovechar nuestras circunstancias favorables para ofrecer una transacción a los  enemigos, pero no quiero. Quiero derrotarlos para imponerles mi voluntad. Y para aniquilarlos.�?�

El General Queipo de Llano en fechas próximas, en declaraciones en Radio Sevilla decía: �??Yo os autorizo a matar, como a un perro, a cualquiera que se atreva a ejercer coacción ante vosotros: Que si lo hiciereis así, quedaréis exentos de toda responsabilidad.�?��??¿Qué haré?. Pues imponer un durísimo castigo para callar a esos idiotas congéneres de Azaña.

Por ello faculto a todos los ciudadanos a que, cuando se tropiecen a uno de esos sujetos, lo callen de un tiro. O me lo traigan a mi, que yo se lo pegaré.�?�

�??Nuestros valientes legionarios y regulares han enseñado a los rojos lo que es ser hombre. De paso también a las mujeres de los rojos que ahora, por fin, han conocido hombre de verdad y no castrados milicianos. Dar patadas y berrear no las salvará.�?�

�??Ya conocerán mi sistema: por cada uno de orden que caiga, yo mataré a diez extremistas por lo menos, y a los dirigentes que huyan, no crean que se librarán con ello; les sacaré de debajo de la tierra si hace falta, y si están muertos, los volveré a matar.�?�

El 24 de Julio de 1936 un bando militar del General Queipo de Llano decía: 

�??Serán pasado por las armas, sin formación de causa, las directivas de las organizaciones marxistas o comunistas que en el pueblo existan y en el caso de no darse con tales directivas, serán ejecutados un número igual de afiliados, arbitrariamente elegidos�?�.

El 28 de julio de 1936, Jay Allen, entrevistó [$] a Francisco Franco en el Chicago Daily Tribune:

 

Franco: �?? ..Nosotros luchamos por España. Ellos luchan contra España. Estamos resueltos a seguir adelante a cualquier precio.�?�

Allen: �??Tendrá que matar a media España�?�, dije.
Entonces giró la cabeza, sonrió y mirándome firmemente dijo:

Franco: He dicho que al precio que sea�?�

A finales de 1938 le declara a James Miller, vicepresidente de la agencia de prensa internacional United Press, que una paz negociada era pura ilusión:

�??los delincuentes y sus víctimas no pueden vivir juntos», dijo

[…] El capitán Gonzalo de Aguilera, conde de Alba de Yeltes, le dijo al periodista norteamericano Jhon T. Whitaker, que había que �??matar, matar y matar�?� a todos los rojos para extirpar el virus bolchevique y librar a España de �??ratas y piojos�?�.  Había que eliminar a un tercio de la población masculina, de esa forma se acabaría con el problema del paro obrero y con el peligro que para las clases dominantes representaba el proletariado.»  […]

El auto añade unas palabras del autor Secundino Serrano: «no sólo era una guerra civil, sino también un programa de exterminio. » , acompañado del ocultamiento sistemático de los cuerpos, de modo que los familiares no pudieran ubicar el lugar de inhumación. 
 
Garzón concluye el segundo punto argumentando: «El Tribunal Penal Internacional ad hoc para Rwanda condenó a Georges Henry Joseph Ruggin por incitar por radio a la milicia Interahamwe a perpetrar ejecuciones extrajudiciales y  crímenes contra los perseguidos».